La estrategia de muestreo depende en gran medida del propósito de la prueba, el estado del rebaño y también del tipo de análisis que va a realizarse y, por supuesto, también de la sensibilidad de la prueba utilizada.
En rebaños más grandes, es importante hacer pruebas en todas las secciones (las llamadas unidades epidemiológicas, es decir, los lotes y grupos de edad que se mantienen separados).
El número de muestras por sección depende, de nuevo, del propósito y el estado del rebaño o, en última instancia, de la prevalencia prevista y del nivel de confianza que se requiera (suele exigirse el 95 % o 99 %).
Para confirmar el estado negativo en un rebaño/sección/unidad epidemiológica (es decir, en un rebaño sin PRRSV):
En el sistema SPF danés se toman 20 muestras de suero y se analizan para detectar anticuerpos mediante ELISA; en una población de 1000 animales, con este proceso se identificará al menos 1 animal con la enfermedad (nivel de confianza del 95 %) si la prevalencia es superior a aproximadamente el 15 %, que será el caso si se infecta un rebaño sin infección anterior.
Para encontrar los animales infectados por el virus en una población infectada por el PRRSV (es decir, en la que todos los animales, o un subconjunto de ellos, presentan anticuerpos):
Debe realizarse una PCR en suero o líquido oral; de nuevo, 20 muestras si la prevalencia es superior al 15 %; si se desea encontrar un animal afectado en una población de 1000 animales y se prevé que la prevalencia de animales infectados por el virus sea muy baja (es decir, del 1 %), se necesitan más de 250 muestras.
En el caso de un brote agudo, en la primera fase no pueden usarse las pruebas serológicas, dado que deben transcurrir de 7 a 10 días antes de que los cerdos sufran seroconversión. La PCR lo detectará antes (2-3 días después de la infección y hasta 3-4 semanas en suero con los análisis de PCR estándar en tiempo real).
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