Desde el principio, se estableció la existencia de dos genotipos del virus del PRRS: Europeo o Tipo 1 (prototipo virus de Lelystad) y Americano o Tipo 2 (prototipo VR-2332).
Curiosamente, la similitud entre ambos prototipos en términos de secuencia nucleotídica es tan sólo del 55%.
De hecho, recientemente se han reclasificado como dos especies virales distintas: PRRSV1 y PRRSV2 (International Committee on Taxonomy of Viruses: ICTV).
La diversidad en las secuencias nucleotídicas dentro de cada especie supera el 20% (hasta el 30% en PRRSV1 y alrededor del 21% en PRRSV2).
Una cantidad significativa de subtipos y clados han sido identificados en ambas especies.
Dentro del PRRSV1, existen al menos 4 subtipos distintos: el subtipo I predominante en la Europa occidental, y los subtipos II-IV, aislados principalmente en los países situados al Este de Polonia.
Parece ser que la diversidad dentro de los subtipos II-IV es mayor que dentro del subtipo I (18,2% frente a 11,9% en la ORF5, respectivamente).
Respecto al PRRSV2, aunque la existencia de subtipos aún no se ha definido, existen diversos linajes dentro de dos clados bien definidos: siete linajes a partir de aislados americanos y dos linajes exclusivos aislados del Sudeste Asiático.
La localización de la diversidad genética no es constante a lo largo del genoma virus, sino que se concentra principalmente en las ORF1a, ORF3 y ORF4.
Es importante subrayar que el análisis filogenético realizado con el objeto de determinar subtipos y linajes se ha basado generalmente en la ORF5, la cual representa un porcentaje pequeño del genoma del virus. Por tanto, no podemos descartar que estas clasificaciones cambien en el futuro cuando se realicen usando el genoma completo.
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